La construcción del castillo cristiano en el extremo más occidental de la fortaleza se convirtió, junto con la reparación de las murallas de la ciudad, en la prioridad tras la conquista de Almería en 1489. El encargado de la puesta en marcha del programa constructivo defensivo fue el secretario de los Reyes Católicos, Hernando de Zafra.
La Guerra de Granada se encontraba en un momento clave, a falta de conquistar la capital del reino nazarí de Granada. Por tanto, resultaba prioritaria la construcción del principal elemento defensivo para la salvaguarda de las clases sociales dirigentes, en este caso el alcaide , de forma que sirviera como último reducto en caso de asedio.
El castillo se construyó entre los años 1490 y 1502. A pesar de que hubo un periodo de seis años (1493-1499) en los que se produjo cierto parón constructivo, las obras no quedaron totalmente paralizadas. Se registró cierta actividad constructiva documentada gracias a que se destinó el importe de los sueldos de los soldados que no se encontraban en el castillo, a la realización de ciertas obras.
El castillo cristiano de la Alcazaba de Almería es de planta triangular, adaptado a la topografía del terreno. Su perímetro viene definido por torres semicirculares unidas por gruesos lienzos de muralla con un adarve o paso de ronda en la parte superior. En su interior existe un patio de armas que originalmente estaba dividido en dos, y una monumental Torre del Homenaje que sobresale del conjunto, de planta cuadrangular.
